死犯人的习惯，一般都是拉到菜市口斩首，可是这次处刑的人数实在是太多，规模太大，崇祯索性在午门前公开处死，让京师的百姓都看看，虽然崇祯自诩为仁义之君，但是作为皇帝总有逆鳞，而凤阳皇陵就是他的逆鳞，张献忠和大西军让他在天下人面前颜面尽失，让他在九泉之下无法面对列祖列宗，崇祯心中的恨是寻常人所不能感受的。刘文秀倒还有几分硬气，虽然曾经他也是张献忠身后之位有利的竞争者，但是现在他不过是砧板上的鱼肉罢了。艾能奇更是吓得屎尿齐流，要不是京营的士兵架着他，他早就已经像烂泥一样摊在地上了。这些士兵凶神恶煞的将众人绑在木桩上，随着行刑官一声令下，刽子手们齐齐动手，凌迟这种刑罚已经多年没有用过，上一次凌迟还是袁崇焕受刑的时候，好巧不巧，这一次的行刑官还是上次对袁崇焕行刑的六扇门第一高手陈千刀，只是这一次，没有人会给刘文秀还有艾能奇等人一个痛快，他们不能像袁崇焕那样避免凌迟的痛苦，而是只能一刀一刀的挨着。即便是灌了哑药，刘文秀和艾能奇等人的惨叫声依然是不绝于耳，确实，这种痛楚实在是难以忍受，陈千刀能做的就是在他们的伤口上撒上止血的药物，避免他们因为失血过多而亡，三千六百刀必须要一刀一刀割完才行。
直接被枭首的人倒是得了一个痛快，而这些被凌迟的人惨叫声连绵不绝，百姓们刚开始还怀着看热闹和唾弃这些逆贼的心情前来观看行刑，可是到了后来，他们也实在是看不下去了。大明的凌迟行刑一般都是从背面往正面割，因为背面的肌肉比较厚实，并且人体的主要器官都集中在正面，比如腹部，一旦腹膜破裂，人在短时间内就会死亡，但是从后面下刀就会避免这种情况，同时给人以视觉上的震撼，背部的纹路非常清晰，一旦皮肉被割下，几乎能看见肌腱，这样的惨烈景象极具震撼力，首先是妇女儿童被吓得不轻，最后即便是青壮男子也捂住眼睛不忍心再看，很多人迅速离场，慢慢的，本来还人山人海的午门口走的一个人不剩，围观的百姓全部散去，只留下了警戒的京营士兵。
行刑的事情刘毅也懒得去打听了，京师的情报军对于这种消息也是自动过滤，这属于最不重要的情报，反正刘毅知道，崇祯不会让这些人活着离开京师，既然如此，自己就没有必要再关注了，但是有一次刘金回到太平府述职的时候还是对刘毅谈起了当时行刑的惨烈，整个行刑过程一直持续了三天三夜，艾能奇坚持不住，在第二天的时候就已经归西，而刘文秀还算是硬气，一直挺到了第三天早上，其他的人都是陈千刀的徒弟执行，只有刘文秀是陈千刀亲自执行，正所谓师傅一出手便知有没有，果然陈千刀的手艺还是要高过这些徒弟们的，刘文秀足足忍受了三千六百刀的痛苦之后才被一刀扎进心脏毙命。崇祯命令锦衣卫将所有这些大西军将领的人头堆成京观警示天下，并且将张献忠的人头放在最上面祭奠列祖列宗。至此，大西军这一盛极一时的农民军组织在大明的历史上彻底消失。
张献忠的覆灭和手下人的被行刑，不仅是大明朝廷的一次巨大胜利，更是对西北一带的闯军产生了深远的影响，闯军本来旺盛的士气为之一滞，瞬间便跌落到谷底，高迎祥一连几天借酒消愁，他倒不是为了张献忠的死而感到惋惜，张献忠初期作为自己的部将，可是在发迹之后就将自己一脚踢开，他也不想想是谁给了他今日的地位，这样的人毫无忠心可言，可是张献忠死了不要紧，大西军覆灭对于闯军来说绝对不是一个好消息，最直接的影响就是张献忠覆灭之后，大明境内最大的一支义军消失，那么下一步朝廷就可以集中力量对付闯军了，本来有大西军牵制朝廷的大量兵力，侧面减轻了闯军的压力，可是现在，闯军将有可能独自面对朝廷的主力部队，毕竟张献忠死后现在大明境内最大的一支农民军就是闯军。其二是对军心士气的影响，拥有三十万