朝京师朝廷覆灭之后，朝廷西南部的土司们就已经有蠢蠢欲动的迹象了，而弘光朝廷建立不到一年又被灭掉，更加刺激了这些土司们，所以西南地区的局势骤然间紧张起来。
弘光元年八月，就在升龙府战役进行得如火如荼的时候，云南元谋土司吾必奎发动了叛乱，土司军一路攻下了定远、湄潭、武定、禄丰、姚安等地，声势浩大，关键是得到了其他土司的声援，一时间云南各地风声鹤唳。
镇守云南的是沐王府，沐家世代享受明朝国公的待遇，镇守云南。但是当地人都喜欢把沐家称作沐王府，既然有土司叛乱，那么平叛的职责当然就落在了沐王府的头上，他们责无旁贷。
沐王府作为明初就在云南的势力，经过他们几百年的经营，在云南当地早就已经是根深蒂固，势力盘根错节。这次吾必奎叛乱，沐王府倒是被打了个措手不及，只能说沐王府在云南太久，自以为有他们镇守，手下这些土司们不敢兴风作浪。加上内陆局势变幻莫测，沐王府的目光也全部聚焦在清军南下这件事情上，一时疏忽竟然被吾必奎给偷袭了。
好在沐王府的号召力还是非常强大的，沐王府这一代的领军人物是沐天波，人称小公爷，弘光元年才二十七岁，年少有为，不论是在沐王府内部还是在云南当地，威望都挺高。在他号令之下，沐王府从昆明出兵一万五千，加上八家土司，组成联军，在一个月之内就荡平了吾必奎的叛乱，吾必奎兵败身死。
大军攻下了吾必奎的大本营元谋县，元谋县的民众一个个都是瑟瑟发抖，生怕小公爷发怒，让整个元谋县鸡犬不留。但是沐天波没有这么干，恩威并施才是沐王府治理云南的杀手锏。云贵川等地，本来就是汉族和少数民族杂居的状态，并且少数民族不是少数，所以才有了朝廷将地方的治理权交给各个土司的情况。
这些土司平日里在他们各自的地盘上跟土皇帝没什么区别，治下民众的生死都由他们来定夺，只要定期给朝廷交税就可以了，到了明朝后期，这些土司连税都不交了，天下大乱，只要他们不反叛朝廷，朝廷就烧高香了，哪里还敢跟他们收税。
沐王府也是睁一只眼闭一只眼，只要他们不生事端，听沐王府的号令，也就随他们去了。这些土司畏威而不怀德，但是也不能把他们逼狠了，吾必奎叛军已经覆灭，麾下主要将领也被沐天波全部斩首，罪魁祸首已经伏诛，如果在元谋搞清洗，势必会引起各族强烈反抗，对沐王府的治理不利，所以沐天波放他们一马，将元谋的民众跟吾必奎的反叛力量分开。
一时间沐天波名声大噪，民众对他感恩戴德，一个个痛哭流涕，都愿意听沐王府调遣，永生永世再也不行叛乱之事。
平定了吾必奎的势力，沐王府的军队便开始分批撤离。此次作战除了一万五千沐王府的直属军队之外，剩余八支队伍都是跟沐王府交好的云南土司，这其中最大的一支队伍是来自蒙自地区的土司沙定洲，其麾下也贡献了一万五千人的力量。
按照撤退方略，由沐王府的军队进行最后收尾，各个土司的人马先回去，众人便听从沐天波的命令，分批起程回到各自的地盘上。元谋在昆明的北边，沐天波召集的土司部队基本上都来自昆明南部，所以他们撤回去的必经之路就是昆明，昆明城内，还有沐王府留下的五千守军，包括沐天波本人的家眷，基本上都留在城内。