联合军最后的大规模抵抗被瓦解后，美马指挥景之收编了联合军残部，开始建设海门。海门区域卡巴内虽多，但没有了寄生虫的指挥，也只不过是一群野兽而已，没什么威胁。前线面对的压力骤减，开拓也变得顺利。内部矛盾在发展中减轻，卡巴内瑞也慢慢被人们所接受。
局势稳定后，甲铁城为了更多的物质补给而造访其他堡垒，他们带去了联合军的噩耗，同时也表示出继续开拓的决心。大部分堡垒军阀别有用心，拒绝给海门提供援助物资，但还是有足够多的军阀愿意供给物资，短暂时间内海门不会缺少物资。
现在的问题是人，几乎没有人愿意主动离开舒适的堡垒去海门拓荒，武士就更没有了，海门的武士守住现有的地区都是勉强，更不要说继续扩张。新的武士训练不出来，又没有足够威力的装备，伤亡率也不少。其中也有些能变成卡巴内瑞，但卡巴内瑞需要血液，数量越多对其他人的负担就越重，除非能找到血液的替代品，否则海门养不起更多的卡巴内瑞了。
海门在开拓发展的同时，也在进行卡巴内的研究工作。他们在海门城原址附近发现的卡巴内脑内都有寄生虫存在，这些寄生虫还没有发展成融合群体核心，但足以表明，融合群体的智力应该来自于这些寄生虫而非卡巴内本身。卡巴内目前还没进化到这个地步，扶桑城事件应该只是个偶然，或许背后有寄生虫的行动也说不定。
在对深雪进行一系列问询之后，研究者们发现寄生虫已经拥有了群体意识，但这个群体意识并不强大，以至于和深雪抢脑子都得抢这么久还没成功。那个药非常管用，不仅能消灭寄生虫，还能让虫群意志短时间陷入停滞。虽然量产相当困难，但海门还是不得不努力去做，因为未来对抗寄生虫需要这种药物。
无惨和穗积多次深入卡巴内感染区，尽力消灭携带寄生虫的卡巴内，防止融合群体核心出现。如果融合群体核心诞生并对周围的卡巴内进行指挥的话，海门开拓区会很危险。虽然存在其他地区的寄生虫来到这里进攻的可能，但现在也顾不得这么多了。
海门的稳定并没有持续太久，和穗积之前担心的一样，其他地区的寄生虫指挥卡巴内过来了。她在侦查时看见了一个融合群体和大量卡巴内，如果不做点什么的话，融合群体和尸潮会把海门连同人类走出堡垒的信心一同碾碎。
一天之后，海门防线遭到大量卡巴内冲击，它们源源不断，那跟着它们的融合群体指挥着它们，让它们有计划地对抗守军。仅仅过了半小时，守军就死伤过半，体内曾有过寄生虫存在的景之和深雪也受到影响，无法进行有效指挥。
穗积必须出手了，她先是将手臂变成**枪和大刀，清理掉简易城墙上的卡巴内。又跳到卡巴内群中，放出无数触须穿刺它们。那些被穿刺的成了养分，但剩余的数量仍然不少，而且融合群体还没有死。寄生虫感觉到了威胁，所有的卡巴内不再进攻城墙上的守军，而是全力围攻穗积一人。这反倒给了守军喘息的机会，他们不断射击，远程支援穗积。无惨也冲入敌阵，大开杀戒。
在吞噬了大量卡巴内之后，穗积突发奇想，用触须穿刺卡巴内，但并不完全同化，只是将这些卡巴内变成肉块，抵挡伤害。被穿刺的肉块越来越多，最后支撑她变成了一个另类融合群体，她便用这个融合群体去和寄生虫战斗。寄生虫那边的融合群体也参加战斗，两个巨人开始了厮杀。
和黑光相比，寄生虫的融合群体太不可靠了，每一次攻击和被攻击都会有卡巴内掉落，而这些卡巴内又会被穗积穿刺，成为黑光融合群体的一部分。一方兴盛而一方衰退，胜负自然揭晓。寄生虫在做最后的顽抗，但这毫无意义，当黑光将核心穿刺时，一切都结束了。