一段时间后，他们找到了另一个抵抗军基地的位置，是在一片核废土里的安全区。他们不能开着抢来的直升机过去，百分之百会被轰下来，刃狼也没法带它的猎犬部队帮忙。依诺过去可能会被打，但只有解释清楚了应该不会有太大问题。
她从陆路穿越核废土，来到抵抗军营地，营地里只有一个男人和一个女人，还有一个婴儿。她显露身形，那两人立刻拿起了枪，女人问：“你和那个刺杀死颅将军的四手机器人有什么关系吗？”
“死颅将军？那人渣叫这名字来着？算了，我就是那个刺杀死颅将军的……额，四手。”
“如何证明你不是那群猪造出来的间谍机器人？”
“你觉得他们有那智力吗？”
她笑了，收起了枪：“那么，英雄，你来这里干嘛？”
“来找抵抗组织加入我们，要不了多久，我们就要干点大事了。”
这时他们观察到一队士兵要杀上来了，女人说：“或许我能为你们提供一点帮助，不过现在……有什么撤离计划吗？”
依诺联系了直升机，而她自己则留下断后，掩护这里的抵抗军撤离。他们来到潜艇上，女人告诉了他们一个地下基地的位置，而他们要做的，就是在那里安放核弹，将那些敌人炸上天。这任务很简单，因为敌人的装备虽然已经更新换代，但他们仍然没有反隐形设备，依诺轻松地潜入，将核弹放在一个隐蔽位置就跑，直到对面被炸飞，他们都没发现是谁安放的核弹。
这之后，依诺又去贫民窟联系一批抵抗军，刃狼和它的游击队帮她扫清了障碍。他们顺利地回到潜艇，但却被敌方的巨型飞艇——灭绝者号发现了。为了击毁飞艇，依诺呼叫了阿斯塔特战舰入场，当灭绝者号被一发光矛击坠时，战争正式开始了。
阿斯塔特攻陷了月面基地，抵抗军在地面爆发革命，在机械教的支援下，敌军连连败退，最终只剩下在金星的最后基地。阿斯塔特的军队粉碎了他们最后的希望，金星基地陷落，元首自杀。在他自杀前，那位元首启动了一个疯狂的装置，那个装置用平行世界的力量来挤压这个世界，能使用的能量不多，但却可以将一个星球变得无法居住。
那个装置启动十分缓慢，机械教有充足的时间在火星建成生态穹顶，然后让所有人移民火星。
在阿斯塔特和这里的居民相处时，亚当在前线抵挡了第三波攻击。因为欧姆弥赛亚神选的入场，帝国也投入了一位活圣人，他们自清晨战至午夜，自午夜战至天明。无数次复活，无数次修复，谁也打不死谁，他们两边的军队一开始很激动、兴奋，但在他们打了一个月后，他们也慢慢失去了热情。因为活圣人和神选的战场几乎无人可接近，而两个效忠于不同势力的骑士家族早已决出胜负，现在就等他们打完，哪边赢了那边就可以多得点资源。
但他们无法分出胜负，活圣人最变态的能力就是复活，亚当的神选能力是修复，只要机魂不灭就可以无限修复，这两个能打到世界末日去。最后帝国方的总督和机械教的封臣达成协议，帝国总督给帝皇写了封信，请求不要在战场上使用活圣人。机械教封臣给机械教发短信，请求不要在战场上使用神选。
帝皇和机械教进行协商，同意不到万不得已不使用活圣人和神选，这两个打起来确实太折磨了。帝皇手下活圣人不止一个，机械教手下虽然只有一个神选，但科技优势牢不可破，帝皇想要赢很难。机械教不敢进攻除了冲突区之外的地区，因为他们一旦进入帝皇的怒火就会降临，比活圣人更可怕的武器将被释放，因此他们没有向帝国领地发起大规模远征扩张。