新王很快参照辽王上次作战，对部队进行了整编，分为三大集团，由郭骥任参谋长，协助自己指挥作战。
第一集团也叫第一师，下辖一个步兵团和两个骑兵团，迫击炮营的三个连分散到步兵各营。
西征军参谋长郭骥兼任第一师师长，勃罗哥为副师长，负责机动作战任务。
第二集团也叫第二师，下辖一个步兵团、两个骑兵营和一个特务团。其中这个特务团并没有多少人，除了一个山炮连和一个迫击炮连外，还包括一个辽东车兵营及其携带的三十门“雷公炮”。
迪化卫指挥使宋瑛任第二师师长，担任驻守和攻城任务。
第三集团也叫第三师，目前还没有实编，计划等六千蒙古、回鹘义军完成第二批军粮转运任务后，再将他们编成两个大的骑兵团，视情投入作战。
此外，新王另外以装备最为精良的天山卫亲军营和辽东骑兵营为基础，成立了新的背嵬军，由自己亲自指挥。
这个背嵬军的单兵素质虽说和辽王当初从全辽东挑选的八百精兵差了一些，但比其他远征部队还是强多了，装备了进一步改进的掣电铳。